Sinopsis Anime Blue Archive the Animation

Akademi-akademi di kota ini dibagi menjadi beberapa distrik dan sebagian besar dianggap independen. Dewan Mahasiswa Umum bertindak sebagai dewan pengatur untuk mengelola akademi secara keseluruhan. Namun, kemampuan kelompok ini untuk memerintah telah terhenti sejak hilangnya presiden Dewan Mahasiswa secara misterius. Berbagai masalah mulai bermunculan di seluruh Kivotos dengan tidak adanya kepemimpinan presiden. Untuk menghindari bencana, Dewan Mahasiswa Umum meminta bantuan dari Klub Investigasi Federal, atau yang dikenal sebagai Schale. Faktanya, Schale adalah klub terbaru di kota ini dan klub terakhir yang disetujui sebelum kepergian presiden.